生理方面的差异也可能导致男性与女性头疼发病率不同。根据美国头痛协会委员会的数据，在进入青春期之前，男孩与女孩的偏头痛发病率是相同的。但是进入青春期后，由于女性开始经历月经周期，并受到雌性激素的影响，偏头痛发病几率明显上升。而随着年龄的增长，尤其是到了更年期以后，女性偏头痛出现的次数便会随之下降。

雌性激素被认为是女性比男性更容易患偏头痛的重要原因。女性在月经来朝和月经期间，随着雌性激素含量的下降，经常会发生激素导致的偏头痛。据调查，患有偏头痛的女性中，60%-70%的人报告说她们的生理期经常伴随着偏头痛。美国科罗拉多州斯布灵市奥林匹克训练中心的外科大夫Marcia Whalen 医生称：“一些偏头痛与月经周期中雌激素水平的变化有关，这让女性更易患上偏头痛。”

雌激素被认为市导致女性患偏头痛多于男性的重要原因

很多人说服用避孕药可以缓解偏头痛。其实不然，一些经常被用来治疗经期综合症的方法，比如激素类避孕药，或者激素取代治疗法（hormone replacement therapy, HRT）倒可能加剧激素偏头痛的症状。这也是因为激素波动性的影响。医生一般会采取调整病人用药量的方法来缓解激素偏头痛。